La biblioteca di Leonardo venne lasciata in eredità al fedelissimo Francesco Melzi che, all'indomani della scomparsa del suo maestro, si trasferì da Amboise alla propria villa di famiglia a Vaprio d'Adda, portando con sé libri, manoscritti e strumenti di bottega appartenuti a Leonardo[70]. Di questa raccolta parlarono l'Anonimo Gaddiano (1537-1542), Giorgio Vasari (1568) e Giovanni Paolo Lomazzo (1590), che la ricordano come gelosamente custodita[70]. Inoltre Vasari ricordò come un pittore milanese (Aurelio Luini?) possedesse alcuni scritti di Leonardo "scritti con la mancina a rovescio"[70].
Dall'analisi dei codici vinciani, si è potuto ricavare almeno una parte dei testi posseduti da Leonardo per i suoi studi. Nel 1504 dichiarava infatti in un suo scritto di avere oltre un centinaio di libri più una cinquantina di raccolte di suoi scritti: venticinque "piccoli", sedici "più grandi", due "maggiori", sei in "carta pecora" e uno con "coverta di camoscio verde"[100]. La biblioteca di Leonardo doveva comprendere:
- Leon Battista Alberti, De pictura
- Alberto Magno, Commentum in libros phisicorum, Mineralium libri V
- Alberto di Sassonia, De proportione velocitatum in motibus
- Dante Alighieri, La Divina Commedia
- Jacopo Alighieri, Dottrinale
- Al Kindi, Libellum sex quantitatum
- Giovanni Antonio Amadeo, libro d'architettura
- Aristotele, De phisica, De metheoris
- Avicenna, Il canone della medicina
- Ugo Benzi, Tractato utilissimo circa la conservatione de la sanitate
- Guido Bonati, Liber astronomicus
- Poggio Bracciolini, Facezie
- Burchiello, Sonetti
- Cecco d'Ascoli, Acerba
- Cleomede, De mundo
- Piero de' Crescenzi, Libro dell'agricoltura
- Goro Dati, Spera
- Paolo dell'Abaco, Recholuzze del maestro Pagolo astrolacho
- Diogene Laerzio, Vite dei filosofi
- Gian Giacomo Dolcebuono, libro d'architettura
- Elio Donato, Ars minor
- Euclide, De ponderibus, De levi et ponderoso fragmentum, De prospectiva
- Marsilio Ficino, Theologia platonica
- Francesco Filelfo, Epistulae
- Jacopo Filippo Foresti, Il supplemento delle cronache
- Angelo Fosinfronte, De motu locali
- Federico Frezzi, Quadriregio del decorso della vita umana
- Galeno, Terapeuticorum libri XIV
- Francesco di Giorgio Martini, Trattato di architettura militare e civile
- Giuniano Giustino, Epitome delle Storie filippiche di Pompeo Trogo
- Guglielmo di Heytesbury, De velocitatis augmentatione
- Isidoro di Siviglia, Etymologiae
- Cristoforo Landino, Formulario di epistole volgari
- Lorenzo Guglielmo di Saona, Rethorica nova
- Tito Livio, Deca I, III, IV
- John Mandeville, Il cavalier Zuanne de Mandavilla
- Mondino de' Luzzi, Anathomia
- Giovanni di Mandinilla, Tractato delle più maravigliose cosse e più notabili
- Ovidio, Epistulae
- Luca Pacioli, De divina proportione
- Giovanni Peckham, De prospectiva
- Biagio Pelacani, Quaestiones de coelo et mundo, De ponderibus
- Francesco Petrarca, Canzoniere
- Piero della Francesca, De prospectiva pingendi
- Platina, Dell'onesta voluttà
- Plinio il Vecchio, Naturalis historia
- Luca Pulci, Driadeo
- Luigi Pulci, Morgante
- Riccardo di Swineshead, De motibus naturalibus
- Ermete Trismegisto, De alchimia
- Giorgio Valla, De expetendis et fugiendis rebus
- Roberto Valturio, De re militari
- Witelo, De prospectiva
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